Met een herindeling gaan eenmalige kosten gepaard, bijvoorbeeld voor het opstellen het herindelingsontwerp en -advies en het overgangsproces van medewerkers. Ook zijn er vaak kosten voor het harmoniseren van ICT-systemen. Daarnaast kunnen gemeenten door een herindeling willen of moeten uittreden bij gemeenschappelijke regelingen, waarmee uittredingskosten gepaard kunnen gaan.