Aan een herindeling gaat een keuze door de betrokken colleges van B&W en gemeenteraden vooraf.

Vaak wordt voor het maken van de keuze om gemeenten te herindelen (met één of meerdere partners) een onderzoek uitgevoerd. Naar de verschillende mogelijke vormen van samenwerking (ambtelijke samenwerking, ambtelijke fusie of herindeling) en de partners waarmee samengewerkt zou kunnen worden. Deze onderzoeken kennen vele benamingen, zoals toekomstverkenningen, scenario-analyses of variantenstudies. Ze hebben met elkaar gemeen dat de verschillende vormen van samenwerking en partners worden afgewogen tegen criteria, zoals het toenemen van kwaliteit of verminderen van kosten. Op basis van de resultaten van de onderzoeken volgt vaak een advies voor de beste optie, zoals een herindeling, waarna bestuurlijk-politiek besluitvorming plaatsvindt.

Indien de besluitvorming positief is, wordt de herindeling nader uitgewerkt in een herindelingsontwerp en -advies. Wanneer ook daarover positieve bestuurlijke en politieke besluitvorming heeft plaatsgevonden (en het wettelijke traject door provincie en Rijk worden voortgezet), kan door de gemeenten de nadere uitwerking plaatsvinden. Bijvoorbeeld van de exacte organisatiestructuur (fijnstructuur en functieboek), op basis waarvan selectie en plaatsing van medewerkers in de ambtelijke fusieorganisatie kan volgen. Er dient een Sociaal Plan te worden opgesteld en arbeidsvoorwaarden dienen geharmoniseerd te worden. Ook kan een begroting worden opgesteld en is het van belang om werkprocessen te harmoniseren, zodat de nieuwe organisatie goed van start kan gaan.

Om uitvoering te geven aan deze werkzaamheden wordt vaak een projectorganisatie ingericht. Deze bestaat uit diverse werkgroepen, met elk een eigen aandachtsgebied. Denk aan werkgroepen op het gebied van Communicatie, Cultuur, Dienstverlening, Huisvesting, I&A, Organisatie, P&O en Juridische Zaken. En er zijn werkgroepen die op de verschillende domeinen werken aan de harmonisatie van beleid en regelgeving.